也是同样的结局，更何况当时万历皇帝已经长大，申时行也没有像张居正一样控制皇帝的机会。
这时的申时行其实就已经完全失败，被皇帝和文官集团一起踢开就只是时间问题。
每次万历皇帝和文官闹出矛盾的时候，申时行就主动出马：一方面帮助皇帝安抚文官，一方面也没有忘记首辅该做的事情，向文官集团表示诚意。
万历皇帝也表示等皇长子十五岁以后再说此事，帮忙他应付朝臣。
申时行高兴的以为争国本事件将就此平息，那时他自己也累得心力憔悴，所以回家休假。
他却没想到文官集团的力量已经远超预料，就在申时行休假之时他给万历的秘密上疏居然流传开来，上疏里头申时行直白表示：“皇上自可决断策立之事”的话瞬间引得天下哗然。
只是那些折中的原因，并不是他不想做，而是做不了。
申时行辞官回家之后看着国势日渐变样，心中也是焦虑痛苦。
但他从来都是个聪明人，知道朝中文官们已经把他看作唾弃对象，要不然不会使得自己这和事佬的坏名称传扬天下。